ინსტიტუციურმა რეფორმებმა ქვეყანაში არსებული ყველა რეესტრი ერთ უწყებაში - საჯარო რეესტრის ეროვნულ სააგენტოში გააერთიანა. შესაბამისად, ამ რეესტრებიდან ინფორმაციის მიღებაც ცენტრალიზებულად, ერთი მარეგისტრირებელი ორგანოდან გახდა შესაძლებელი.  

სააგენტოს მართვის სისტემა ცენტრალიზებული და ადგილობრივი მმართველობის ორგანოებისგან დამოუკიდებელი გახდა და მიწის ადმინისტრირების ფუნქცია დაეკისრა; საჯარო რეესტრის ეროვნული სააგენტო თვითდაფინანსებად ორგანიზაციად იქცა.  

სააგენტოს  წარმატებულმა მუშაობამ დროთა განმავლობაში მისი ფუნქციების გაზრდა განაპირობა: 

2004 წელს სააგენტოს გადმოეცა ტექნიკური ინვენტარიზაციის ბიუროს არქივი 

2004 წელს სააგენტოს დაეკისრა მოძრავ ნივთებსა და არამატარიალურ ქონებრივ სიკეთეზე უფლებათა რეგისტრაცია 

2004  წელს სააგენტოს დაეკისრა ქონებაზე საგადასახადო გირავნობა/იპოთეკის რეგისტრაციის ფუნქცია.

2005  წელს სააგენტოს ნოტარიუსთა პალატიდან გადმოეცა ქონებაზე საჯარო-სამართლებრივი შეზღუდვების რეგისტრაციის ფუნქცია.

2010 წელს სააგენტოს გადმოეცა მეწარმეთა და არასამეწარმეო (არაკომერციულ) იურიდიულ პირთა რეგისტრაციის ფუნქცია.

2011 წელს სააგენტოს დაეკისრა გეოდეზიისა და კარტოგრაფიის ფუნქცია.

2012 წელს სააგენტოს გადმოეცა მოქალაქეთა პოლიტიკური გაერთიანებების რეგისტრაციის, აგრეთვე უძრავი ქონების ნუმერირების ფუნქციები.

2012  წლიდან სააგენტო დაეკისრა  ქვეყნის მასშტაბით სამისამართო სისტემის წარმოება და ნუმერაციის მინიჭება ქალაქ თბილისის მასშტაბით. 

2014  წლიდან მუნიციპალიტეტების  რეგისტრაციის ფუნქცია საჯარო რეესტრის ეროვნულ სააგენტოს დაევალა. 

2016 წელს  საჯარო რეესტრს დაევალა  ეკონომიკურ საქმიანობათა რეესტრის წარმოება.